《자산어보》는 조선시대까지의 해양생물 연구서 중에서 가장 많은 종을 다루었을 뿐 아니라, 지식 정리도 매우 체계적이다. 또한 정약전은 해양 지식이 많은 사람들에게 ‘병 치료(治病)’, ‘이용利用’, ‘재산 모으기(理財)’ 및 한시의 소재 등 실생활에 도움이 되기를 원했다. 이런 《자산어보》의 특징은 다음과 같다.

첫째, 수산학 및 해양생물학의 새로운 분류 방식을 창안했다. 둘째, 체계적 분류를 위해 이름 없는 생물이나 기존 이름을 수정하는, 이른바 ‘창명創名(작명)’을 시도했다. 셋째, 흑산도 근해에 서식하는 해양생물의 명칭, 크기, 형태, 생태, 맛, 어획방법, 이용법 등 수산학 정보를 놀라울 정도로 세밀하게 정리했다. 넷째, 경험 지식과 문헌 지식이 적절하게 조화를 이룬다.

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